Watotos barnelandsbyer er små, levende samfunn bygget etter afrikansk tradisjon. Husene er plassert i sirkler rundt et tun og er utstyrt med alle grunnleggende fasiliteter som kreves av et hjem i et utviklingsland. Hver landsby har både barnehage, grunnskole, videregående skole og yrkesopplæring. Landsbyene har i tillegg en medisinsk klinikk og en flerbrukshall som brukes til kirke og samfunnshus og landsbyen organiserer sin egen vannforsyning. Landsbyene har flotte opparbeidede utearealer med mye plass for barna til å leke i trygge omgivelser.

En Watoto-familie består av en mor som tar seg av åtte barn fra to år og oppover. Barn under to år blir tatt hånd om på Baby Watoto. I husene er det tre soverom, kjøkken, bad og spisestue/oppholdsrom. Spisestuen er betydningsfull for å skape familiære omgivelser. Husene har innlagt vann, noe som er sjeldent i desentrale strøk i Afrika. Sammen med Watoto Church drives et program som heter ”Fathers Heart”. Det innebærer at noen menn fra kirken regelmessig besøker landsbyene for å være en farsfigur og en mannlig rollemodell for barna, noe som bidrar til en mest mulig helhetlig familiesituasjon.